Bonsoir,
Pour le vaporetto, c'est simple, il vous faut un billet 72h si vous dites que vous restez 3 jours. Le billet est validé à la première utilisation pour le temps imparti. Attention donc à calculer le coup si vous arrivez tard.
Pour les pass musées, c'est selon vos goûts personnels et les visites que vous souhaitez faire. Cela va du Museum pass San Marco pour visiter essentiellement le Palais des DOges au Pass Museum (tout court) pour visiter le Palais des DOges et un dizaine d'autres musées.
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Musées à Venise pour vous faire une idée.